《Darwinia》的游戏世界是一个建立在计算机系统中的虚拟主题乐园，是由电脑天才Sepulveda博士创造的。里面的居民Darwinian是一种进化中的生命形式，他们是数十年来对基因算法研究的产物。不幸的是，Darwinia的系统被邪恶的红色病毒所感染。病毒的繁殖失去了控制，如果不及时控制，后果不堪设想。玩家的任务就是消灭病毒感染，使得Darwinia上的居民免受灭顶之灾。由于Darwinian不能直接被控制，玩家可以通过编制程序，创造诸如部队（Squad）和工程师（Engineer)，通过直接控制他们作为自己的武器。
